单细胞转录组

📅 发布时间:2024-05-27 17:49:26 👤 来源:北检院 👁 阅读:

  送样要求

  一、从组织分离单细胞,要求是新鲜的组织,没有经过冷冻、固定等处理。

  二、保证细胞活性和形态完整,不要损伤细胞。

  三、分离的单细胞放入公司提供的裂解液中,使用干净的核酸酶的96孔板或200µl的八连排PCR管,每管/每孔裂解液用量为2.55µl,放入细胞时带入缓冲液体积不要超过0.5µl。

  四、细胞数量:每管/每孔放入一个细胞,每种细胞建议至少取5个细胞做重复。【细胞分群,每种类型细胞至少5个,要看最关心的细胞类型所占比例,比如目标细胞占比5%的话就需要测100个细胞。】

  五、单细胞放入裂解液后,-80℃保存,干冰运输。运输的时候要将管子做好包装,放入干冰中,以防运输过程中管子损坏。

  六、裂解液-80℃保存,避免反复冻融。

  七、操作过程尽量保持低温环境,加入单细胞的裂解液尽快放入-80℃保存,最好不要 超过1小时,中间的时间越短越好。

  八、样本一旦放在-80℃或干冰冻存之后,不能反复化冻。
 

部分结果展示

分析结果主要包括:数据质控、参考基因组比对、基因表达分析、主成分分析(PCA)、tSNE、聚类、GO和KEGG分析、最小生成树等。

 

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测序数据质量汇总

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测序质量图

 

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参考基因组序列比对

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          基因表达分析

 

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       主成份分析

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tSNE1分析图

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标记基因在不同细胞群的表达

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最小生成树

 

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聚类分析

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GO和KEGG分析

 

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编辑:北检院编辑部

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